所有版本的AcademyCraft使用GPLv3协议。

并且所有版本的AcademyCraft同时附加有以下版权限制：

禁止任何个人、公司、企业、组织等以任何形式出售 AcademyCraft 及其内容，包括但不限于付费下载(包括但不限于各种法定货币、虚拟货币、虚拟币、游戏代币等)，游戏内出售 AcademyCraft 物品，游戏内出售 AcademyCraft 能力等。(1)

……

LambdaInnovation对于AcademyCraft的著作权、署名权、拥有权、版权等无视一切协议而保留，任何要求这些权利或其中一部分的条款均视为无效。(2)

LambdaInnovation保留最终解释权，并保留否定一切协议撤销一切授权的权利。(3)

先说明下，GPLv3 不是协议，而是许可证。对于协议可以采用特殊方法绕过，并且符合欧陆和英美两种法律体系（想知道的话我再解释），而许可证不能 —— 不过这不重要，GPL 的 L 就是许可证的意思，并且内容以许可证方式编写，所以你们的笔误没有实质影响。

法律上没有 “版权限制” 这种说法，我想贵组应该是指附加条款。
但这三(?)条附加条款在法律上是不合逻辑的。
对于第一条，根据 GNU 组织的官方解释，GPLv3 下发布的内容，无法添加商业化限制，这与 GPLv3 是不兼容的，并且没有真正的作用，因为任何人都可以作出一行修改并去除商业化限制再发布。
对于第二条，没有 “拥有权” 这种东西。并且声明未曾放弃权利是多此一举的，TRIPS 公约本身保证了执行著作权法的国家都默认不放弃权利，GPLv3 条款内也没有进行放弃权利。（这条整体上倒也没有本质问题）
对于第三条，GPLv3 本身的条款明确赋予了不可撤销的权利，也即贵组已经明确放弃了撤销的权利。

可行的救援方式：

1. 放弃附加条款，纯以 GPLv3 许可（自由软件基金会乐于见此）；
2. 作品仍以 GPLv3 许可，但对于 AcademyCraft 名称注册商标，同时以非商业化条款下许可商标的使用 —— 弊端是服务器等可以通过修改作品内容完全剃除 AcademyCraft 这一名称而进行商业化，如果他们商业化的同时声称与贵组或此作品的关系，则违反商标法（我乐于见此）；
3. 作品不再以 GPLv3 许可，而以有限授权条款许可，建议选用现成的（比如 CC BY-NC-SA 3.0）或者寻求专业法律建议，不要自己拍脑袋编 —— 弊端是贵组必须获得所有贡献了哪怕一行代码的贡献者的同意（包括 Pull Requests，这点上其实是你们自己留下的坑，没有添加 CONTRIBUTING.md 要求贡献者放弃所有权利而转移到贵组）。

说句题外话，英文翻译有各种各样的错误，甚至主张了一些诡异的权利（revoke all authorizations），我觉得不如不加。

不过我觉得贵组对于违反许可的使用方式并没有限制能力，不会去诉讼，写 DMCA Takedown 都可能有点困难。大概我这段话作用为零 ;)