GraveStoneLocalizationHandler.java(и возможно что-то ещё) больше не нужен. Forge сам определяет языковые файлы.

Это фича ещё с 1.6.4, лол. Сам я ничего по этому поводу сказать не могу(так как не разбираюсь)
Возможно это поможет -> MinecraftForge/FML#457 или попробуй посмотреть код других модов. Ну, например эти используют "ванилла" локализацию: https://github.com/BuildCraft/BuildCraft
https://github.com/SlimeKnights/TinkersConstruct

С какой версии появилась данная фича?) И нужно ли как-либо указывать ему, где их искать?

Зайди в вики minecraftforge, вроде была информация по распознаванию файлов локолизации