TileReactorとTileReactorIBCにおいて、Device Slot Panelを置く位置によってはアイテムを加工できず、素材の一部がtickごとに消失してしまいます。
具体的には、TileReactorの448行目とTileReactorIBCの403行目の判定で、スロットパネルが入っているスロットに来た場合にinRecipeをfalseにしてしまうことが原因ではないかと思います。

ご報告ありがとうございます！
c3e667f でスロットパネルの判定を追加しました。