仕様か不具合かこちらでは判断できないのですが、ガラスのフェンスを通すとこのように一部描画が欠けます。
ランタンは火が消えています。

1.8以降のバニラの仕様です。
TileEntity、Entityの透過処理では、他のTESRや、水などの透過ブロックの描画と重ねて表示できなくなりました。
mod側からどうにかすることは出来ません。

バニラのスライムでも同じことが起きます。
スライムを通して見た水ブロックが消えているのが見えますね。

（バニラでは透過度を下げたり、透過テクスチャを持ったTileEntityを実装しない、という形で回避しているようです。）
1.7.10以前の頃のほうが良かったものの一つですね…

なるほど…。
＞透過テクスチャを持ったTileEntityを実装しない、という形
まさしくこれのためか、初めて知った仕様です。
スライムの外殻(？)も盲点でした。
リソースパックで完全な透明にして対処することにします、ありがとうございました。